Es el templo más importante de los construidos en Deir el Bahari y único en todo Egipto. Fue construido por la reina Hatshepsut en forma de terrazas, de grandes dimensiones, con columnas que se confunden con la ladera de la montaña, situada tras el templo. La obra se debe al arquitecto Senmut quien consiguió una perfecta armonía de proporciones. El templo está en parte excavado en la roca y en parte construido externamente, basándose en las construcciones previas realizadas por Mentuhotep I. Se construyó entre los años séptimo y vigésimoprimero del reinado de Hatshepsut.
Constaba de una calzada de 36 metros de anchura rodeada de esfinges que conducía desde la entrada hasta el gran patio, al que se accedía a través de 2 terrazas escalonadas, construidas en la ladera de la montaña y unidas mediante rampas. Las terrazas se apoyan en muros de carga y están separadas por columnatas o pórticos.
Tras la entrada se accede a la primera terraza, un gran patio rodeado de muros bajos y largos con un doble pórtico de cierre. Decorado con relieves que representan barcazas construidas para transportar los obeliscos desde Asuán al gran templo de Amón en Karnak y escenas de caza y pesca. En esta primera terraza había 2 estanques con forma de T que contenían plantas ornamentales. En el pórtico existían 2 figuras osiríacas de las que actualmente sólo queda una.
Una rampa ascendente, con el león que protege el nombre de la reina, da acceso al segundo nivel, con un pórtico formado por 2 filas de 22 pilares cuadrados con escenas del nacimiento, educación y coronación de la reina y una expedición comercial por mar hasta el país de Punt junto con la procesión de vuelta al templo de Amón. Estos famosos relieves fueron ya restaurados por Sethy I. Existe, además, a la derecha otro pórtico inacabado con 15 columnas y 4 nichos.
En el ángulo entre ambos pórticos se encuentra la capilla de Anubis con un vestíbulo y 3 santuarios, decorada con escenas de Thutmose I y Hatshepsut haciendo ofrendas a Anubis, Amón, Ra-Horajty, etc.
En el extremo izquierdo se encuentra la capilla de Hathor excavada en la roca, compuesta de 2 salas hipóstilas. Una de las salas consta de columnas hathóricas y la otra de columnas acanaladas. El templo está decorado con escenas de fiestas en honor de Hathor y ofrendas de la reina a los dioses, así como decoraciones celestes.
La tercera y última terraza contenía 22 columnas precedidas de pilares osiríacos que fueron destruidos por Thutmose III cuando asumió los plenos poderes, tras la muerte de Hatshepsut. En este nivel, en el lado sur, a la izquierda de la terraza, se encuentra la capilla de Thutmose I y la cámara de ofrendas de la reina, excavada en la roca. En el lado contrario, al norte, están las salas dedicadas a Ra-Horajti, con un vestíbulo con nicho sobreelevado y un patio interior con ara solar, y las de Amón y Amonet.
La última estancia del templo, el santuario, consta de 3 salas con nichos para colocar objetos de culto, la primera de las cuales estaba destinada a albergar la barca sagrada. En esta hay decoraciones de la reina, Thutmose III y Neferura haciendo ofrendas a Thutmose I y II y a la reina Ahmes Nefertari. La tercera sala fue excavada por Ptolomeo VIII Evérgetes II y está consagrada al culto de funcionarios divinizados como Amenhotep (Hijo de Hapu) e Imhotep.
En el lado occidental de la parte trasera de la sala se encontraban una serie de nichos que contenían estatuas de la reina y una entrada en el muro conducía al santuario. Desde el segundo patio se accedía a unas capillas que estaban dedicadas a Anubis y Hathor.
